Ruprecht Karls Universität Heidelberg


Methodenkurs für Bachelor-Studenten Biologie - Theorieteil

Der Theorieteil findet vom 29.6.2009 - 10.7.2009 statt. Er besteht aus vier Doppelstunden Vorlesungen sowie 24 Stunden Übungen am Computer. Die Übungen werden von Achim Besser, Jakob Schluttig, Fridtjof Kowald, Jerome Soine, Philip Guthardt, Julian Weichsel und Thorsten Erdmann betreut (jeweils zwei Betreuer per Pool).

Vorlesungen

  • Montag 29.6., 9.45 - 11.15 Uhr, AOC 101 Geb. 30.45: Modellierung dynamischer Systeme in Matlab
  • Mittwoch 1.7., 9.45 - 11.15 Uhr, Oberer HS Geb. 10.91: Übersicht Projekte P1, P2, P3 (Reaktionskinetik)
  • Montag 7.7., 9.45 - 11.15 Uhr, AOC 101 Geb. 30.45: Übersicht Projekte P4 und P5 (Diffusion)
  • Mittwoch 9.7., 9.45 - 11.15 Uhr, Oberer HS Geb. 10.91: Modellierungssoftware für die Systembiologie

Übungen

Die Übungen am Computer finden wie im Stundenplan vorgesehen Di - Fr von 14.00 - 17.15 Uhr in den Computerpools D und F des Rechenzentrums statt. Jeder Teilnehmer benötigt deshalb eine studentische Kennung am Rechenzentrum. Falls noch nicht vorhanden, bitte im Rechenzentrum mit dem Studentenausweis anmelden. Eine spezielle Anmeldung für den Theorieteil innerhalb des Methodenkurses ist nicht erforderlich. Die Teilnehmer werden bei der einführenden Vorlesung am 29.6. in zwei Gruppen für die zwei Pools eingeteilt und arbeiten dann an allen Nachmittagen in Zweiergruppen unter Aufsicht an insgesamt vier Projekten. Im Pool D kann das Praktikum am Dienstag erst um 15.30 Uhr beginnen, dafür gibt es Ausweichszeiten an den Vormittagen: Di 11.30-13.00 Uhr, Do 9.45-13.00 Uhr und Fr 9.45-11.15 Uhr. Diese Zeiten stehen in beiden Pools zur Verfügung und können von allen genutzt werden. Das nötige Arbeitsmaterial wird in den Übungen ausgegeben. Alle vier Projekte werden in der Softwareumgebung Matlab durchgeführt, die an der Universität Karlsruhe als Campuslizenz vorhanden ist und über Asknet auch für den eigenen Computer beschafft werden kann. Jedes Projekt soll in einem Protokoll mit Text und Abbildungen dokumentiert werden (typischer Umfang 2 Seiten).

Vorlesungen

Anleitungen zum Praktikum

Die Projekte 1 und 2 sollen in der ersten Woche gemacht werden. In der zweiten Woche soll man Projekte 3, 4 und 5 machen. Projekte 2 und 3 kann man auch in umgekehrter Reihenfolge machen.

Klausur

Der Biophysik-Teil der Klausur entsprach 20 Minuten und damit 20 Punkten. Drei von zwei Aufgaben mussten bearbeitet werden. Die Aufgaben und eine kurze Erklärung zu den Lösungen gibt es hier.

Matlab

Empfohlene Literatur

  • Edda Klipp et al., Systems biology in practice, Wiley 2005
  • R. Phillips, J. Kondev and J. Theriot, Physical Biology of the Cell, Garland Sci. 2009
  • Howard Berg, Random Walks in Biology, Princeton University Press 1993
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